Le microbiote intestinal est souvent présenté comme un écosystème en perpétuel mouvement, influencé par l’alimentation, le stress ou l’environnement. Cette vision, bien que partiellement vraie, masque une réalité fondamentale mise en évidence par de nombreuses études longitudinales : chez un individu donné, le microbiote intestinal est remarquablement stable dans le temps.
Une variabilité quotidienne… autour d’un socle stable
À court terme, la composition du microbiote peut fluctuer. Des variations journalières liées aux apports alimentaires (notamment en fibres), au rythme de vie ou au stress sont observées. Toutefois, ces fluctuations restent confinées autour d’une composition moyenne propre à chaque individu, sans remise en cause de l’architecture globale de son microbiote.
Plusieurs études longitudinales (Caporaso et al., 2011; David et al., 2014; Rajilić-Stojanović at al., 2012), montrent que les communautés microbiennes intestinales peuvent rester stables pendant plusieurs mois, voire plusieurs années, en l’absence de perturbations majeures.
Autrement dit, les différences entre individus sont bien plus importantes que les variations observées chez une même personne au fil du temps.
Le microbiote comme signature individuelle
Chaque individu possède un noyau microbien stable, constitué de souches bactériennes qui persistent sur le long terme. Les analyses basées sur des indices de similarité (comme l’indice de Jaccard) montrent que :
- le microbiote d’un individu reste toujours plus similaire à lui-même, à différents point dans le temps, qu’à celui de n’importe quel autre individu;
- les microbiotes de membres d’une même famille sont plus similaires entre eux que ceux de personnes non apparentées (Huttenhower et al., 2012);
- environ 60 à 70 % des souches bactériennes d’un adulte sont conservées sur plusieurs années (Faith et al., 2013).
Chez les nouveaux nés aussi, dont le microbiote intestinal est en pleine formation, Palmer et. al (2007) notaient déjà que « la composition et l’évolution temporelle des communautés microbiennes variaient considérablement d’un bébé à l’autre. Malgré cette importante variation au cours du temps, les caractéristiques distinctives de la communauté microbienne de chaque bébé restaient reconnaissables sur des intervalles de plusieurs semaines, voire de plusieurs mois« .
Cette stabilité suit une loi de puissance, suggérant que sans perturbation majeures, la majorité des souches du microbiote intestinal peuvent persister pendant des décennies, voire tout au long de la vie adulte. Le microbiote peut ainsi être considéré comme une véritable signature biologique, acquise en grande partie durant l’enfance.
Quand le microbiote change réellement
Les modifications profondes et durables du microbiote ne surviennent généralement que lors de perturbations majeures, telles que :
- la prise d’antibiotiques (avec parfois une récupération incomplète),
- certaines infections intestinales,
- des changements alimentaires prolongés et structurels,
- des expositions environnementales importantes (voyages, changements de cadre de vie).
Ces événements peuvent remodeler l’écosystème intestinal, parfois de manière transitoire, parfois durable. En dehors de ces situations, le microbiote tend spontanément à revenir vers son état d’équilibre propre à l’individu.
Des implications cliniques majeures
Cette stabilité interindividuelle a des implications essentielles en santé fonctionnelle et préventive :
- elle renforce l’idée que les analyses du microbiote font du sens et doivent être interprétées de manière individualisée ;
- elle suggère qu’un suivi annuel peut être suffisant pour détecter des dérives significatives du microbiote ;
- elle confirme que toute intervention nutritionnelle ou thérapeutique agit sur un terrain biologique propre et déjà structuré.
En conclusion
Le microbiote intestinal n’est ni figé ni chaotique. Il est stable, personnel et résilient, tout en restant sensible à certaines perturbations majeures. Cartographier son microbiote via une analyse ADN par séquençage permet de comprendre cet écosystème et de mieux respecter l’identité microbienne de chaque individu pour envisager des stratégies de santé réellement personnalisées.
